现代农业主要依靠化肥、农药的大量投入，这就使得生态系统原有的平衡被打破，农药在杀死害虫的同时，也伤害有益生物特别是鸟类及益虫，进而危及整个生态系统，使生物多样性减少。大量化学肥料的投入和农家肥用量减少使土壤有机质耗竭，土壤保水、保肥能力大大下降，这就加剧了水土流失和旱涝灾害。据研究，施入农田的化学氮肥有一半以上不能被植物利用而流入环境，我国九五期间重点治理的滇池、巢湖、太湖都是以水体富营养化为主要特征的，而从农田进入水体的化学氮磷肥是造成湖泊富营养化的重要原因。有机农业强调农业废弃物如作物秸杆，人畜粪便的综合利用，减少了外部物质的投入，既利用了农村的废弃物，也减轻了农村废弃物不合理利用所带来的环境污染。

　　由于有机农业单位面积产量和单畜生产力较低减轻了对过剩农产品市场的压力，这将减轻政府为消除过剩产品所必须支付的财政补贴负担，有助于保持市场物价的稳定，保护生产者的利益。由于传统农业中的农药、化肥和杀虫剂等农业措施在有机农业中尚未找到良好的替代措施，很多诸如病虫草害防治等农业劳动要通过手工来完成，所以有机农业也是一种劳动密集型产业，可以增加就业机会。

　　我国作为一个发展中国家，正面临着发展经济和保护资源与环境的双重任务，但在发展经济的同时常常会导致环境的破坏与资源的浪费。

　　在所有产业中，农业与资源环境的关系最为密切和特殊，农业生产既可以保护和改善生态环境，也可能对环境造成重大破坏并浪费大量资源。如不当的耕作造成水土流失；过度种植与放牧使土壤地力下降；过量的施用化肥和不当的灌溉破坏了土壤结构，加速了次生盐渍化，使土壤生产能力日益下降，而为了维持农田眼前的生产，愈益依赖于化肥，如此反复的恶性循环，导致土壤生态环境的恶化；为了防止有害生物的危害，大量使用化学农药和除草剂，虽然暂时控制住了病虫草的危害，保住了产量，但与此同时，杀灭了天敌，破坏了自然界动物区系及昆虫、微生物与植物之间的生态平衡，有害生物抗药性逐渐增强，最终会导致病虫害的暴发，甚至达到难以控制的地步；此外，森林和草原面积的减少使风沙加剧，人类生存环境更加恶化，农业的持续发展受到严重威胁；理有甚者，农药、化肥的滥用不仅污染了大气、土壤与河流，也直接威胁到我们的食品安全等等，这些问题使发展经济与保护环境的矛盾越来越尖锐。目前人们已经认识到发展经济不能以牺牲人类赖以生存的环境为代价，世界各国都在积极探讨既能实现发展目标，又能保护和改善生态环境的途径，寻求农业持续发展之路，而发展有机农业是解决这一矛盾的重要途径。

　　近年来，越来越多的科学研究表明，食物中的农药残留对人体的影响不仅表现为直接的毒害，间接危害也很严重。有报道说，农药在降解过程中将形成各种各样的中间体，其中某些中间体的分子结构与动物体内的雌性激素十分相似，这可能是导致整个生物界雄性退化的重要原因。在日本，儿童皮肤过敏症非常普遍，也可能与食用基因工程食物或食物中的农药残留有关。近几年，发达国家消费者对基因工程食物的潜在影响普遍比较担忧，而有机食品禁止引入基因工程技术，可以消除人们的疑虑。

　　再者，目前国际市场上有机食品的价格比常规食品高20-50%，有些产品（如豆类等）可高出一倍甚至更多，生产加工厂家和贸易部门拓宽了国内外市场的同时，也依靠自身产品的质量优势，获取了较高的销售价格。近年来国内很多单位积极开拓有机食品这一新兴环保产业，通过开发有机食品帮助部分农民脱贫致富，促进农村经济和环境的持续发展。

　　化学肥料和合成农药的生产均需要消耗能源，通常是石油、煤炭等不可再生能源。发展有机农业可以减少化肥、农药的生产量，从而降低人类对不可再生能源的消耗，同时也减轻化肥农药在生产过程中所产生的工业污染。

　　在生态敏感和脆弱区发展有机农业可以加快这些地区的生态治理和恢复，特别是水土流失的防治和生物多样性的保护。实践表明，在常规农业生产地区开展有机农业转换，可以使农业环境污染得到有效控制，天敌数量和生物多样性也能迅速增加，农业生产环境可以得到有效地恢复和改善，土地、水资源、植被和动物界所受到的破坏与损害的程度将较轻。因此，从保护农村环境的角度来看，有机食品产业又是新兴的环保产业，是农业生产体系中的清洁生产。

　　根据联邦德国农业部的农业年度报告，以有机农业生产方式从事生产的农业企业的多年平均纯收入水平，无论是按单位土地利用面积、单位劳动力还是农户计算，均至少不低于以常规方式生产的同类农业企业。这主要是因为有机农业的企业通过投入较多劳动的方法，自己来进行土地肥力保护和植物保护工作（而常规农业则是通过购入化肥与农药来购入土地肥力和植物保护），并且用自己所生产出来的饲料而不是购入饲料。这就是说，其生产的购入物资成本较低。

　　另外、有机农业生产企业本身也越来越多地将一些营销部门的功能承担过来，即他们自己也从事营销。通过直销、定点供应、连锁店和专卖店的短链销售，减少流通环节，获取更高的利润。

　　我国有机农业生产基地和有机食品发展，是以市场为导向逐步发展起来，走的是产、供、销一体化的道路。邻近南京的江苏省溧水县共和乡原为贫困乡，近几年靠发展有机农业吸引了很多国内外客商到该乡投资，现在有机食品生产、加工和贸易已经初具规模，预计不用多久，该乡就将甩掉贫困乡的帽子。在我国这样的例子还有很多。

　　当前，有机食品在国内外受到青睐的一个重要原因是其质优味好，富营养、无污染。发达国家的消费者愿出高价钱购买有机食品既是出于自身健康的考虑，也是在为保护生态环境作贡献。随着对有机产品的消费。消费者的消费结构也向着更有助于健康的方向演变，例如减少对烟、酒、咖啡、肉类、糖的消费，而增加对植物性产品的消费。在发达国家，食品消费支出占整个家庭支出的比例普遍较低，因此，即使他们因购买有机食品导致支出增加，也在他们的经济承受范围内。

　　当前，世界农业和农村发展主要面临食品质量与粮食安全、资源和生态环境安全、农民增收与经济安全等问题，而有机农业正是这些问题的解决方案或解决方案的一部分。国际有机农业运动联盟主席GUNNAR RUNDGREN先生曾把发展有机农业的理由总结于下表中。